Während sich NEO in erster Linie darum bemüht, eine Tastaturbelegung zu entwerfen, die auf das Schreiben von Texten optimiert ist (also die Bedeutung der Tasten im Blick hat), verwenden einige Programme die Lage auf der QWERTZ-Tastatur (und nicht die Bedeutung) zur Steuerung. Mit der Veränderung der Zeichen auf der Tastatur ändert sich somit zum Teil auch die Bedienung besonders tastaturlastiger Programme. Der Ordner „Programme“ kommt diesem Umstand entgegen und beinhaltet Anpassungen von Programmen (i.d.R. Konfigurationsdateien), die die leichte Bedienbarkeit wiederherstellen.